環境はWindows 8 64bit(on VMware fusion on Mac OSX)
ここを参考に。ATmega328pの場合。
http://forum.arduino.cc/index.php?topic=118089.0
自分はブレッドボーではなくArduino UNO上のチップに転送した。
AVRへの給電が必要なのでUSBケーブルでArduino UNOをPCと接続しておく。
手順は
1. AVR ISP mkIIにlibusb-win32ドライバをインストール。
（Atmel AVR studioを入れた時に入ったJungoドライバはアンインストール）
libusb-win32ドライバはここにあるものを使った。
http://mightyohm.com/blog/2010/09/avrisp-mkii-libusb-drivers-for-windows-7-vista-x64/
Windows8だとドライバの証明書でエラー(3rd-party unsigned driver)が出るので再起動が必要。
ここを参考にインストールする。
http://www.nextofwindows.com/how-to-install-an-un-signed-3rd-party-driver-in-windows-8/
2. hardware/boards.txtに以下を追加
############################################### atmega328bb.name=AVRISP mkII w/ ATmega328 atmega328bb.upload.using=arduino:avrispmkii atmega328bb.upload.maximum_size=30720 atmega328bb.upload.speed=57600 atmega328bb.bootloader.low_fuses=0xE2 atmega328bb.bootloader.high_fuses=0xDA atmega328bb.bootloader.extended_fuses=0x05 atmega328bb.bootloader.path=arduino:atmega atmega328bb.bootloader.file=ATmegaBOOT_168_atmega328_pro_8MHz.hex atmega328bb.bootloader.unlock_bits=0x3F atmega328bb.bootloader.lock_bits=0x0F atmega328bb.build.mcu=atmega328p atmega328bb.build.f_cpu=8000000L #atmega328bb.build.f_cpu=16000000L #UNO上で使う（外部発振16MHzの時はこっちを使う） atmega328bb.build.core=arduino:arduino atmega328bb.build.variant=standard ###############################################
UNOは16MHzの外部発進なのでビルド設定のbuild.f_cpuで16MHzを指定してみたら
動いてるっぽいけど、Fuse bitも書き換えないといけない気がする。
3. lib/preferences.txtを書き換える
upload.using=bootloader"
の項目を
upload.using=avrispmkii"
に書き換える
普通にArduino UNOを使う場合はlib/preferences.txtは毎回書き換えないといけないのかもしれない。
（→あとで試してみたけど多分そう）
4.Arduino IDEのtool/boardをAVR ISP mk II w/ ATmega328pに指定
5. Arduino IDEのtool/programmerがAVR ISP mkIIになってることを確認
BlinkをアップロードしてみたらLEDが点滅した。
リセットを押してもパイロットLED（１３番）が点滅しないのでブートローダが消えたことが分かる。
ブートローダの再書き込みは以下の記事を参照。
http://d.hatena.ne.jp/seinzumtode/20140803/1407035348
