ここを参考に
http://electronics.stackexchange.com/questions/237815/eagle-pcb-change-drill-size-of-all-vias-of-a-specific-size
ChangeコマンドとGroupコマンドを併用する
Drill: 0.031mil, Diameter: 0.056milが良さそう
手順
1. VIAのレイヤーのみ表示
display none 18
2. Groupで全てのVIAを選択
3. ビアのドリルサイズ指定
change drill 0.031
4. 右クリック→Change group
5. ビア径を指定
change diameter 0.056
6. 右クリック→Change group
