STLファイルのロード

Processing

全般 http://cfg.sfc.keio.ac.jp/
unlekkerlib by Marius -> ModelBuilder (2007): 使えそう

Three.js

公式のExamplesにwebgl_loader_stl.htmlがある

Blender

コマンドライン(blenderコマンド GUI起動しない)からPythonを実行できるらしい

Rhinoceros

RhinoのBoolean演算をGrasshopperのPythonスクリプトから実行するとか?