Arduinoのbootloaderの動作について

http://electronics.stackexchange.com/questions/2603/i-dont-get-the-arduino-concept

ブートローダはあらかじめ書き込まれているファームウェア。
ArduinoではISP経由ではなく、シリアル（UART）経由でHEXを受け取り
AVRのSelf programming機能を使ってブートローダが受け取ったコードを
Flashに書き込んでいる。
※1. 送信しているHEX自体はbootloaderを使わずに単体でも動作するコード）
※2. ということはArduino IDEを使って開発したコードは(シリアルではなくSPI経由で)
AVR ISP mkIIでも転送できるということになる

転送プロトコルはSTK500を使っている。
http://forum.arduino.cc/index.php?topic=125226.0
STK500プロトコルの詳細
http://www.atmel.com/Images/doc2525.pdf

動作はoptiboot.cを読むとわかると書いてある。
optiboot
https://code.google.com/p/optiboot/

のぞいてみるとSTK500プロトコルを使っていることがわかる。
optiboot.c
宣言されている関数プロトタイプ

int main(void) __attribute__ ((OS_main)) __attribute__ ((section (".init9")));
void putch(char);
uint8_t getch(void);
static inline void getNch(uint8_t); /* "static inline" is a compiler hint to reduce code size */
void verifySpace();
static inline void flash_led(uint8_t);
uint8_t getLen();
static inline void watchdogReset();
void watchdogConfig(uint8_t x);
#ifdef SOFT_UART
void uartDelay() __attribute__ ((naked));
#endif
void appStart(uint8_t rstFlags) __attribute__ ((naked));

メイン関数

int main(void) {
    uint8_t ch;
 
    register uint16_t address = 0;
    register uint8_t  length;
    
    asm volatile ("clr __zero_reg__");
#if defined(__AVR_ATmega8__) || defined (__AVR_ATmega32__)
    SP=RAMEND;  // This is done by hardware reset
#endif
    
    ch = MCUSR;
    MCUSR = 0;
    if (!(ch & _BV(EXTRF))) appStart(ch); //External Reset Flagがたったら再起動？

    ..........(中略)

        /* Forever loop */
    for (;;) {
        /* get character from UART */
        ch = getch(); //Arduino IDEからシリアルデータを受信 受信コマンドによって処理を分ける
        
        if(ch == STK_GET_PARAMETER) {
            unsigned char which = getch();
            verifySpace();
            if (which == 0x82) {
                /*
                 * Send optiboot version as "minor SW version"
                 */
                putch(OPTIBOOT_MINVER);
            } else if (which == 0x81) {
                putch(OPTIBOOT_MAJVER);
            } else {
                /*
                 * GET PARAMETER returns a generic 0x03 reply for
                 * other parameters - enough to keep Avrdude happy
                 */
                putch(0x03);
            }
        }
   
    (以下略)