<VirtualHost *:80> ServerName hoge.hogehoge.com SetHandler python-program PythonHandler django.core.handlers.modpython SetEnv DJANGO_SETTINGS_MODULE AIapp.settings PythonOption django.root /mysite(プロジェクトと同名のフォルダ(=settings.pyが入っているフォルダ)) PythonDebug On PythonPath "['/path/to/mysite','/path/to/mysite/mysite/'] + sys.path" </VirtualHost>
PythonPathで2つ指定したら動いた。