PyserialでHardware flow controlを使用する

http://pyserial.sourceforge.net/pyserial_api.html

Serialクラスのコンストラクタ

__init__(port=None, baudrate=9600, bytesize=EIGHTBITS, parity=PARITY_NONE, stopbits=STOPBITS_ONE, timeout=None, xonxoff=False, rtscts=False, writeTimeout=None, dsrdtr=False, interCharTimeout=None)

で、rtscts=True, dsrdtr=Trueを指定してみたらうまくいった。
rtsctsの方だけでもいいかもしれない。